方志馆馆藏库区面积约730平方米，采用“藏借阅一体化”开放式布局。按功能划分为志鉴书库、地情书库、古籍书库、方志理论室、图册库、年报资料库、修志资料库、报刊合订本库、电子资源区和阅览室。图书资料按内容集中存放于相应的功能库区。

1995年起，逐步尝试图书资料的自动化管理。2000年，启用由重庆慧尔科技发展有限公司开发的“慧尔图书馆管理系统”（始为单机版，2008年升级为网络版），沿用至今。图书资料的采购、编目、检索、流通等工作，以及连续出版物和电子资源的管理，均通过该系统实现。