海陆军大元帅大本营是孙中山第三次在广州建立的革命政权，也是国民政府的前身。

1922年6月陈炯明叛变后，孙中山再次退居上海，积极联络各方势力，组织粤、奉、皖三角同盟，准备武装讨伐陈炯明。10月，将继续跟随自己的北伐军改组为东路讨贼军，以许崇智为总司令，计划取道闽南攻击潮汕，又与滇、桂、粤军联络，组织滇桂粤联合的西路讨贼军，拟从西江东下，直取广州。1923年1月4日，孙中山发出讨陈通电。1月16日，西路讨贼军进入广州，陈炯明退往惠州。

1923年2月15日，应广东各军之请，孙中山由上海启程，21日到达广州，即日就任陆海军大元帅职，以大元帅名义统率各军。大元帅是1917年广州非常国会授予孙中山的军街。孙中山此次建立政权，不用大总统名义而用大元帅名义，局局长廖仲恺（兼），大理院院长赵士北（后改吕志伊），兵站总监罗翼群，总检察厅厅长卢兴原。由于已开始酝酿国共合作，共产人陈独秀曾任宣传委员会委员长，谭平山为委员。大本营是以军事机关的形态出现的特殊政权，它既是大元帅的军事行营，又是具有内政外交职能的政权机关，具有最高决策和领导执行权。大元帅无须向国会负责，大本营各部、院、局首长均由大元帅选拔、任命。

大元帅大本营的建立后，随即领导讨贼各军开展保护广州革命基地的军事斗争，击退桂系沈鸿英的进攻，东征陈炯明，迫使陈军退守惠州，保证了广州的安定，为国民党改组和国共合作的建立提供了社会环境。